星野航は、本州から南へ離れた南栄生（みなみさこう）島にある高見塚学園に通う学園生。
島の産業を支えてきた出水川重工の撤退により過疎化が進み、学園旧校舎を改装した学生寮・つぐみ寮も住人が航とヒロイン4人＋寮長の沙衣里だけとなり、来年春には廃寮になることが既に決定していた。
そんな4月初め、高見塚学園へ転入してきた凛奈がつぐみ寮へ入寮する。
ツッパって誰とも馴染もうとしない凛奈に、航は「お前を俺無しではいられなくしてやる！」と自分達の仲間へ引きこむことを宣言。
かくして航と凛奈の戦いに、廃寮を早めようとする寮外の陰謀も絡み、つぐみ寮生達の「約束の日」までの最後の一年が始まる。